OA中最廣為人知的功能是公文管理，最核心的卻是工作流。OA的工作流程子系統的主要功能包括流程定制、流程門戶、發起流程、待發流程、流程監控、辦結查閱、流程代理、流程轉辦等。通過OA工作流，以管理和制度為中心，規范了各單位的分工和協作秩序，并且對業務過程進行關注、監控、催辦，對業務結果進行統計、查詢和分析。
然而，除此以外OA工作流程還有另一項重大任務，就是對責任進行監控，精準定位、環環把關。
首先，用戶可將組織日常使用到的流程表單直接導入到OA中，或者另行自定義流程表單。選擇應用的表單進行節點與權限設置，方便以后將特定的信息發往特定的人。在設置表單時，為了讓責任分配更加明確，九思OA提供了純B/S的，從設計、應用、優化到門戶展現全方位的圖形化自定義，實現企業流程地圖的設計，通過個性化授權，可以將常用的流程推送的個人門戶，方便調用；通過規范、表單和流程的集成，可以使得員工運用制度和流程時免學習；并且該模塊對企業的流程管理遵循PDCA管理法則，從發起流程到在辦監控、辦結查閱和效率分析進行閉環管理。
責任明確之后便是對責任的監管。OA系統將處理過的流程節點以不同的顏色標識、以流程日志的方式顯示每個節點接收和處理的時間，實現了每個流程的痕跡保留，從而將每個人的處理動作以圖形和文字的形式展現出來，有效防止責任追溯無據、扯皮推諉等影響工作效率與企業文化的問題出現。
傳統辦公中，當工作出現問題，特別涉及到多部門多節點的工作出現問題時，往往很難找到問題責任人，即使找到了目標責任人也無可考證據，無法對其實施懲罰。OA的出現恰好解決了這一管理難題，OA將流程負責人以圖形和文字的形式固定下來，并將其處理動作記錄在案，一旦工作出現紕漏便可很容易的追本溯源，找到癥結所在，大大提高了工作效率和管理成本。
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