大多數的公司決定引入ERP系統的主要目的之一，就是要改善那些缺乏彈性的老舊ERP系統，以因應產業制造環境改變并符合企業未來市場競爭力等需求。
即使ERP一再強調能提供企業最佳的工作模式，但也不是現有的所有系統功能都能夠被其取代，而且不同的行業間其作業模式差異很大，企業在導入ERP 的過程中，勢必會面對一些一些符合自己需求的自定義定制問題。
企業所會面對的ERP定制化問題大概可以分為普通定制化問題與特殊產業定制化問題二類。
1.普通定制化問題
普通定制化問題的產生，大都是受企業原有的舊系統、企業組織文化和管理方式的不同而有所不同。因此，對于ERP系統廠商或顧問而言，這類的定制化需求，通常是無法事前預知的，最好也不要直接建議企業以定制程序方式來加以解決。
（1）受舊系統影響所產生的定制化需求
許多企業在導入ERP系統的過程中，都會習慣地將原有的舊系統所提供的工作方式與功能，拿來與ERP系統做比較，因而產生定制化的需求，但這些定制化問題的發生并不一定是絕對必要的，往往只需要經過企業流程再造(Business processreengineering，BPR)來重新適應ERP新的工作流程與操作方式就可以解決。
（2）受公司文化影響所產生的定制化需求
每個公司都會有其牢不可破的公司文化與工作、運作模式，當企業進行ERP系統導入時，若非ERP系統沒此功能，就是ERP系統所提供的功能不符公司所需，此時就會有定制化需求的產生。
例如大部份的ERP軟件都提供了簡單的Sales傭金計算功能，但企業在實際運作上，其Sales傭金計算方式可能要復雜得多，且牽涉到的層面又廣，像此類的定制化問題，勢必也只能依照各公司的實際需求另行定制。
（3）因特定核算方式不同所產生的定制化需求
雖然大多數ERP系統都自己宣稱可以提供最佳的工作、操作流程與模式，但各公司往往仍有為達到特定核算要求而有定制化需求的產生，但此類定制化需求以輸出報表居多。
例如，目前各ERP系統都提供了信用額度與最低售價管控的功能，唯其管控方式與控制點略有不同，因此各企業可能會因現實環境的需要，而要求ERP系統稍加定制(增加核算控制點、警示訊息或檢核報表)，以符合公司在特定核算上的目的。
2. 行業/產業定制化問題
所謂的行業/產業定制化問題，就是在該行業/產業中的各公司，因面對相同的產業環境、相同的產業作業流程與特性，在推動ERP系統導入時會共同面對的定制化問題。
此類的定制化需求，因對該產業有其重要性、特殊性與競爭性，且其解決方式大都可加以模塊優化，而成為ERP系統功能中的一部份。
例如，早期的國外ERP軟件，因不支持大陸地區及臺灣特有的統一發票與海關作業，以致于都須額外付費定制這部份的功能，或這單獨購買專為該ERP系統所開發的統一發票系統或海關系統軟件包，這樣不但造成ERP項目部署實施時間與成本的增加，而且系統的操作接口與整合性都將是一大考驗。由于統一發票與海關開立作業是大陸及臺灣各產業所共同會面對的定制化問題，因此目前都已成為國外各大ERP軟件系統功能中的一部份。
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