在整個ERP理論體系中MRP(物料資源計劃)就已經能夠解決企業物流管理的問題，但是為了說明企業的經營效益，人們就又將管理會計的理論方法引入ERP軟件中來，從而使ERP軟件有了財務管理的功能。但是ERP軟件的財務管理和一般的財務管理軟件也存在著許多不同之處。
首先，兩種軟件的管理模式不同。眾所周知，財務管理強調的是事后核算，實際發生原則是財務管理的首要原則，也就是說，它對于企業經營現狀的反映具有滯后性，只能在一切都已經成為事實以后在采取補救措施來調整，這是產生財務信息流、資金流和企業生產經營中的物流產生脫節的重要原因。而ERP思想強調的是事前計劃和及時調整，能夠實現企業的三流合一，就是物流流到哪里，資金流就核算到哪里，信息流就反映到哪里，使企業能夠根據市場情況及時反應。
其次，兩種軟件的管理核心不同。財務軟件管理的核心就是企業的財務狀況，而ERP軟件管理的范圍更加廣泛，而且以降低企業經營成本，提高企業整理競爭能力為目的。
兩種軟件能夠實現的功能也不同，衡量企業經營效益首先要計算產品成本，ERP軟件產品在核算產品成本方面有著得天獨厚的優勢,成本的實際發生過程，要以ERP系統的產品結構為基礎，從最底層采購件的材料費開始，逐層向上將每一件物料的材料費、人工費和制造費(間接成本)累積，得出每一層零部件直至最終產品的成本。再進一步結合市場營銷，分析各類產品的獲利性。ERP把傳統的帳務處理同發生帳務的事務結合起來，不僅說明帳務的資金現狀，而且追溯資金的來龍去脈--例如將體現債務債權關系的應付帳、應收帳同采購業務和銷售業務集成起來、同供應商或客戶的業績或信譽集成起來、同銷售和生產計劃集成起來等，按照物料位置、數量或價值變化，使與生產相關的財務信息直接由生產活動生成。在定義事務處理相關的會計科目之間，按設定的借貸關系，自動轉帳登錄，保證了"資金流(財務帳)"同"物流(實物帳)"的同步和一致，改變了資金信息滯后于物料信息的狀況，便于實時做出決策。而財務軟件由于沒有同生產管理集成，所以難以像ERP軟件這樣方便快捷的核算產品成本，在人力資源管理等方面也是如此。
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