計(jì)算機(jī)學(xué)家Mark Howison正在準(zhǔn)備分析提取自24個(gè)管水母目動(dòng)物的RNA，這種海洋動(dòng)物與水母和珊瑚關(guān)系密切。但美國(guó)羅得島州布朗大學(xué)的本地高性能計(jì)算機(jī)在維修之后并沒(méi)有恢復(fù)充分的可靠性。于是，Howison決定使用亞馬遜的彈性計(jì)算云。兩個(gè)小時(shí)后，Howison配置了一臺(tái)虛擬計(jì)算機(jī)運(yùn)行他的軟件，并上傳了管水母目動(dòng)物的序列。14小時(shí)、花費(fèi)61美元，分析完成。
越來(lái)越多像Howison這樣的研究人員，選擇從亞馬遜和谷歌等商業(yè)供應(yīng)商手中在線租借計(jì)算資源，而且不僅僅限于緊急備份。2013年，美國(guó)國(guó)家科學(xué)基金會(huì)(NSF)資助的一項(xiàng)調(diào)查顯示，云為實(shí)驗(yàn)室提供了接觸到它們難以從其他地方獲得的計(jì)算能力。需要強(qiáng)大計(jì)算能力的科學(xué)家只需要租借額外的計(jì)算能力，而非購(gòu)買永久硬件。
科學(xué)家能配置云環(huán)境，以適應(yīng)自己的需求。盡管云計(jì)算不能處理需要最先進(jìn)超級(jí)計(jì)算機(jī)進(jìn)行的分析工作，或機(jī)器間的互聯(lián)，它可能只適合太大而無(wú)法在臺(tái)式機(jī)上完成或太小而不值得使用高性能超級(jí)計(jì)算機(jī)的項(xiàng)目。而且，在線工作讓研究團(tuán)隊(duì)可以更容易地展開(kāi)合作，分享數(shù)據(jù)的虛擬快照、軟件和計(jì)算配置。
但將科學(xué)轉(zhuǎn)移到云上，并不是一個(gè)輕松的任務(wù)。“你需要一個(gè)技術(shù)背景。針對(duì)一個(gè)像科學(xué)家這樣的終端用戶進(jìn)行設(shè)計(jì)，這并非易事。”Howison說(shuō)。盡管活化能量可能較高，但這里為嘗試為自己的研究或?qū)嶒?yàn)室配置云環(huán)境的科學(xué)家推薦了路徑。
大部分云平臺(tái)都要求使用者具備基本的計(jì)算機(jī)技術(shù)。例如，理解命令行是如何工作的，以及能熟練使用操作系統(tǒng)和文件結(jié)構(gòu)。一旦研究人員擁有了堅(jiān)實(shí)的計(jì)算機(jī)基礎(chǔ)，下一步就是嘗試在云中工作了。
普吉特灣大學(xué)植物生物學(xué)家Andreas Madlung表示，部分對(duì)科學(xué)家而言容易使用的云可能是Atmosphere平臺(tái)。他參與創(chuàng)建了名為iPlant的協(xié)作網(wǎng)絡(luò)基礎(chǔ)設(shè)施項(xiàng)目。這個(gè)由NSF資助、美國(guó)3所大學(xué)和冷泉港實(shí)驗(yàn)室領(lǐng)銜的項(xiàng)目，自2008年起，就幫助科學(xué)家分享軟件和進(jìn)行免費(fèi)分析。
考慮到科學(xué)家的需要，該平臺(tái)的界面設(shè)有預(yù)先載入的軟件、一系列操作數(shù)據(jù)集和討論區(qū)，以便用戶彼此幫助解決問(wèn)題。Madlung還負(fù)責(zé)教授生物信息學(xué)本科課程，其中就包括云計(jì)算的章節(jié)。他首先向?qū)W生介紹了Unix操作系統(tǒng)，然后讓他們使用相關(guān)知識(shí)在Atmosphere平臺(tái)分析RNA序列數(shù)據(jù)。
那些注冊(cè)iPlant的用戶，被自動(dòng)分配到每月約168小時(shí)的處理時(shí)間。而且如果有需要，用戶還能申請(qǐng)更多時(shí)間。用戶能加載攜帶其需要的額外軟件的虛擬計(jì)算機(jī)，并且如果一項(xiàng)工作對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)設(shè)備而言過(guò)于繁重，任務(wù)會(huì)被卸載給得克薩斯高級(jí)計(jì)算中心的超級(jí)計(jì)算機(jī)。
加州大學(xué)戴維斯分校生物學(xué)家Mike Covington由于超載使得服務(wù)器頻繁崩潰，后將自己實(shí)驗(yàn)室的計(jì)算工作轉(zhuǎn)移到了iPlant。他還制作了自己的虛擬計(jì)算機(jī)副本，以便合作者和iPlant的用戶能登入和使用相同的軟件、數(shù)據(jù)和計(jì)算結(jié)構(gòu)。“如果我能花費(fèi)數(shù)小時(shí)設(shè)置好自己的虛擬計(jì)算機(jī)并完美地進(jìn)行de novo基因裝配，我也能迅速并簡(jiǎn)便地讓其他希望進(jìn)行相同工作的科學(xué)家使用它。”Covington說(shuō)。
而這些虛擬快照可能成為那些需要計(jì)算工作的項(xiàng)目的標(biāo)準(zhǔn)。例如，任何需要復(fù)制一篇論文中的微生物基因組分析的人，都能使用作者在亞馬遜云上提供的虛擬計(jì)算機(jī)快照，只需要支付使用時(shí)間費(fèi)用。
對(duì)于一些研究人員而言，選擇一個(gè)云平臺(tái)是簡(jiǎn)單的。自2013年起，歐洲核子研究委員會(huì)的科學(xué)家就開(kāi)始使用一個(gè)大型的內(nèi)部云平臺(tái)，康奈爾大學(xué)和圣母大學(xué)等機(jī)構(gòu)也在開(kāi)發(fā)云計(jì)算。而布朗大學(xué)進(jìn)化生物學(xué)家Casey Dunn更喜歡培訓(xùn)學(xué)生使用商業(yè)平臺(tái)。“當(dāng)他們?cè)谄渌胤介_(kāi)始博士后工作或擁有自己的實(shí)驗(yàn)室時(shí)，他們?nèi)阅艿卿泚嗰R遜。”他說(shuō)。
斯坦福大學(xué)基因組學(xué)和個(gè)性化醫(yī)療中心生物信息學(xué)部門主任Somalee Datta就正在使用谷歌的云平臺(tái)——而非僅僅依賴斯坦福大學(xué)的計(jì)算服務(wù)——支撐該中心龐大的基因數(shù)據(jù)和計(jì)算需求。她說(shuō)，選擇谷歌的原因有幾個(gè)：該公司研發(fā)者積極為基因組研究開(kāi)發(fā)工具，谷歌在衛(wèi)生保健研究方面也展示了興趣，并且價(jià)錢合理。
對(duì)于Datta和其他人而言，圍繞云計(jì)算的一個(gè)重要議題是安全性。“這是一個(gè)極大的關(guān)注點(diǎn)。”她說(shuō)，“黑客知道什么是有價(jià)值的，他們將把注意力集中在這里。”而且，Datta認(rèn)為云計(jì)算并不比其他計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)安全。例如，一所大學(xué)的云系統(tǒng)僅像其防火墻一樣堅(jiān)固。
困擾打算進(jìn)入云平臺(tái)的研究人員的另一個(gè)問(wèn)題是所需要的技術(shù)支持水平。獲得在新系統(tǒng)上運(yùn)行的軟件可能需要數(shù)天，并需要反復(fù)嘗試計(jì)算能力或虛擬計(jì)算機(jī)的記憶能力。盡管所有云服務(wù)者都提供培訓(xùn)和教程，但專門的技術(shù)服務(wù)人員在擁有校園云的大學(xué)中更為常見(jiàn)。
盡管存在挑戰(zhàn)，但云計(jì)算正吸引著越來(lái)越多的科學(xué)家投身其中。Dunn表示，這并不令人驚訝，“幾乎所有的計(jì)算機(jī)產(chǎn)品消費(fèi)者都擁有一個(gè)云，可能是移動(dòng)應(yīng)用程序、流媒體服務(wù)或桌面工具”。
京公網(wǎng)安備 11010502049343號(hào)