CRM管理控制系統的設計要考慮到組織機構的變化有多種因素及其帶來的影響。如組織機構的扁平化、控制的面更寬、授權和員工激勵、團隊和行動導向的學習、團隊精神、市場導向的組織結構、在企業內部的阻力及外部服務、供應商和客戶的阻力、國際經營的協調和控制，等等。因此，管理控制系統應具有以下幾個主要特征。

1.更重視共享價值觀

一些適合環境并被員工廣泛和深入地共享的正確價值觀，往往比正式的控制制度更有效。這些價值觀諸如客戶至上、終身學習、持續改善和提高質量、良好的行為規范、靈活性、團隊精神、忠誠信任、尊重事實、及時反應等，以此來推動企業取得有競爭性的勝利。

2.控制中很強調溝通和集中的做法

通過小組、各層次的機構委員會、沖突解決方法、培訓項目、信息和溝通技巧及雙向勾通等來統一分散的組織。

3.強調全方位的獎勵

其中包括正式的物質獎勵、提升和非正式的獎勵及企業價值對員工的行為和表現的認同和鼓勵。

4.在控制過程中應強調相對新的工具和過程

這將有助于在過程中提高決策能力，提高企業的競爭力和控制系統的總體功能。這些新的工具包括全面質量管理、目標成本技巧、排序比較技巧、及時生產技術。同時，預算、項目管理等技術也非常有價值。

5.要應用有效的方法來衡量績效

可應用顧客滿意度、員工滿意度、效率、供應商績效及有關質量、循環周期、周期縮短等方法來直接衡量績效的好壞。

6.要考慮控制系統的道德觀

這是管理控制系統成功的基礎。在企業里相互信任是控制系統成功很關鍵的要素。當控制系統對企業和投資者促進公平時，這一系統就會增加信任。而信任也會減少與控制系統有關的成本和增加控制系統的有效性。這些應引起足夠的重視。

一個企業生存和發展的條件是企業對員工、客戶等要提供足夠的吸引力和凝聚力，這樣才能獲得投資者的資本、員工的人力、供應商的原材料和用戶對企業的產品訂購單。這個吸引力如果高于外面市場吸引力的平均水平，這個企業生存的空間就更大。優秀的企業有很好的管理控制，能監控和吸引貢獻力以能在決策過程和投資者之間取得平衡，并能在競爭環境會威脅吸引貢獻力時及時作出反應和行動。由于企業是在動態的不斷變化的市場里運作，競爭的激烈和環境的變化要求企業的人員始終能適應和變化。企業為了在動態的環境里保持優勢和生存發展，其管理控制系統必須具有創造性、適應性并能及時變化。市場上的一些變化經常會發生，如競爭者的迅速創新會影響公司的客戶，信息系統的迅速創新會影響供應商和分發商的關系，全球的競爭會引起的相應變化等，這些都需要企業能有一個有效的、適應性強的管理控制系統。