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基因組測序的幕后推手 戴爾HPC破冰“精準醫療”

責任編輯:cres

作者:申耀

2016-05-05 11:00:45

摘自:戴爾企業級解決方案

戴爾聯手SAP推出SAP HANA解決方案, 將基因組測序時間由此前的4天縮短為4個小時,在為病患者奪得寶貴治療時間的同時,也加速了這項技術走向大眾。

引言

基因組數據分析是生命科學研究中一項極有可能改變未來世界的技術。戴爾聯手SAP推出SAP HANA解決方案, 將基因組測序時間由此前的4天縮短為4個小時,在為病患者奪得寶貴治療時間的同時,也加速了這項技術走向大眾。


地球人類文明發展的歷史其實就是一部新技術與新工具運用的發展史。不是嗎?長矛的運用讓人類擁有了更充足的食物,火的應用使人類告別了茹毛飲血的原始時代,蒸汽機的發明拉開了工業革命的帷幕,汽車的出現則加速了人類社會發展的步伐......

對于人類健康而言,基因組數據分析是生命科學研究中一項極有可能改變未來世界的技術,其所帶來的價值不可估量。而HPC作為一種關鍵工具在其中扮演了不可或缺的角色。

不久前,由戴爾聯手SAP推出的SAP HANA解決方案可以有效將基因組測序時間由此前的4天縮短為4個小時,在為病患者奪得寶貴治療時間的同時,也讓這項技術加速走向大眾百姓。

在某種意義上來說,戴爾HPC在技術發展上的“一小步”,推動了人類健康發展的“一大步”。

從“數天”到“數小時” 戴爾HPC助基因組數據分析能力提升

對于人類健康而言,利用高性能計算和大數據技術的強大數據處理能力,對于人類基因組進行測序和數據分析所帶來的價值不可估量。例如,僅通過對血液或唾液來分析測定一個人的基因全序列,從而對其身體先天飲酒量如何、是否具有運動天賦、未來患上癌癥或白血病的幾率有多大等給出準確判斷。同時,由于能夠做到預判,因此也能夠為其提前給出個性化、精準的預防和疾病治療方案。

愿景雖然美好,但這項技術若要發展和造福大眾百姓,則面臨了計算能力不足的限制瓶頸問題。據悉,一個人的完全測序的基因組包含了100-1000GB的數據量。而一百萬人的基因組數據量合計將達1EB(1000000TB)的數據量。要對這么龐大的數據量進行分析比對,則對于運算設備的計算能力提出了極大的挑戰。

在研究初期階段,由于受制于運算能力瓶頸的限制,進行如此數量級的數據處理工作大概需要13年的時間。在后來多年的發展中,隨著運算技術及能力的不斷提升,人類基因組數據分析所需時間已從“數年”縮短為“數天”。

盡管速度提升驚人,但從應用的角度出發,動輒幾天的時間,再加上高昂的成本費用,使得這項技術還停留于少數“貴族”群體享用的階段,其離普通大眾需求還存在相當遠的距離。

戴爾HPC對于生命科學的研究與關注有著長期的積累,在中國可以追溯到與深圳華大基因的合作上。深圳華大基因研究院作為中國的基因研究機構,其基因組分析能力處于世界領先水平,曾先后參與完成國際人類基因組計劃的“中國部分”。華大基因應用于基因研究的的高性能計算集群正是過去引入戴爾M605服務器而打造的。

前不久,由戴爾聯手SAP等合作伙伴研發的基于戴爾HPC的SAP HANA解決方案,為基因組數據分析時間瓶頸的打破帶來了希望。據負責HPC和SAP HANA解決方案的戴爾主管介紹,這套戴爾融合基礎設施可以使每個病患者的基因測序時間從之前的4天縮短為4個小時,在基因組數據分析速度上再次實現大幅提升。

戴爾HPC  SAP HANA解決方案 技術“一小步”,健康“一大步”
 

在今年2月底于美國拉斯維加斯舉辦的HIMSS16上,戴爾聯合SAP等合作伙伴展示了基于戴爾HPC的SAP HANA解決方案。據悉,該方案是專為醫療專業人士增強對患者護理的新方式。借助顯示設備,其通過向專業醫療人員提供及時、強大的基因組數據分析能力,從而可以針對患者提供個性化、精準的藥物和治療方案,大幅提高對于病患者疾病的治療效果。

這一成果歸功于過去數月以來,戴爾攜手SAP、英特爾的共同合作和努力。基于基因組數據分析對于計算設備的速度和可靠性提出了更高的需求,戴爾聯手合作伙伴致力于對健康基金會所配套的SAP基礎設施進行優化。通過共同努力,戴爾與合作伙伴們一起開發了可用于提高基因組數據分析速度的全新解決方案。

戴爾推出的解決方案提供了一個經優化、預集成的高性能計算環境。其采用了強大的英特爾至強處理器和由戴爾PowerEdge服務器組成并經優化的架構。基于此融合基礎設施的SAP HANA解決方案能夠提供一個靈活、可擴展的臨床數據倉庫模型,從而可以做到數據集成管理和進行及時、快速的大規模數據分析。該解決方案可以讓全球范圍內的醫療機構或生命科學研究企業能夠快速、可靠地分析大量的非結構數據,從而造福于人類健康。

借助基于戴爾融合基礎設施SAP HANA解決方案,可全面滿足基因組分析研究需求,讓時間跨度再次大幅縮短,一個病患者的基因組測序及數據分析工作從之前的數天縮短為幾個小時就能完成。

具有深遠意義的是,處理速度的提升在為病患者爭取到更多寶貴的治療時間的同時,也拉近其與普通大眾醫療需求的距離,戴爾HPC在技術發展上的“一小步”,推動了人類健康發展的“一大步”。

聯手SAP創新HPC應用價值 為用戶構建“未來就緒IT”環境

眾所周知,SAP HANA是SAP研發的新一代內存計算技術,擁有高性能的實時計算能力。戴爾HPC是一款性能強大的硬件設備,其通過軟、硬結合的方式,與SAP合作推出了性能更為強勁的SAP HANA應用方案。

該應用方案可以提供與數據源無關的多用途內存應用方案軟件,這些軟件基于戴爾硬件進行優化配置,并通過戴爾全球服務交付給客戶。人類基因組數據分析解決方案的研發推出正是基于此。

在解決方案的搭建上,戴爾PowerEdge Server R930平臺作為戴爾SAP HANA解決方案的基礎平臺,在所有配置中統一使用。戴爾PowerEdge R930平臺與SAP HANA軟件相結合,使用戶可以在單一系統中執行分析、性能管理和操作。同時,這些解決方案還幫助用戶更快速地對目前影響運營的事件做出響應。

除了在生命科學領域的應用外,十多年來,戴爾與SAP密切協作,為多個行業的客戶提供了數百種解決方案。戴爾和SAP聯手提供經過優化配置的SAP HANA解決方案,其中包括硬件應用方案、預加載的軟件以及戴爾全方位的服務。

通過實施戴爾的SAP HANA解決方案,組織將能夠通過識別和分析各種趨勢和模式,改善規劃、預測并實現價格優化。該解決方案可靠且可擴展,并能夠提供多種靈活配置,可以滿足企業用戶面對未來的具體業務需求。

總結

在社會諸多應用領域中,生命科學以及基因研究是一項面向未來、尖端的科研項目,其對于HPC的性能和可用性提出了極致的要求。

作為“未來就緒的IT”理念的倡導者,戴爾HPC通過攜手SAP創新了高性能計算和基因組數據分析速度的新高度。這一陣地的奪取,在證明其作為強大計算工具擁有高性能、高可用性等特點的同時,也為其通往更多應用領域打開了大門。

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