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谷歌攜手哈佛-MIT 博德研究所,將基因組分析工具帶到谷歌云平臺

責任編輯:editor006

作者:曹木編譯

2015-06-25 17:26:13

摘自:TechCrunch中國

谷歌今天宣布了它與哈佛-麻省理工博德研究所的合作,谷歌云平臺將推出該研究所的基因組分析工具包(GATK)的內(nèi)部測試版,并將這一工具包作為一項服務提供給用戶。谷歌與博德的合作伙伴關(guān)系產(chǎn)生的第一個成果就是將 GATK 帶到谷歌云平臺。

谷歌今天宣布了它與哈佛-麻省理工博德研究所的合作,谷歌云平臺將推出該研究所的基因組分析工具包(GATK)的內(nèi)部測試版,并將這一工具包作為一項服務提供給用戶。該軟件是由博德研究所開發(fā),用來幫助科學家快速分析基因組測序數(shù)據(jù)的工具,它將免費提供給學術(shù)研究人員(不過他們還是要付費使用谷歌的云平臺服務)。商業(yè)用戶會需要從博德獲取許可證來使用該軟件。

這項服務會作為谷歌基因組的一部分來提供給用戶,后者是谷歌為生命科學研究推出的云計算平臺,也是一個相對不知名的谷歌云平臺部分。該平臺在2014 年初推出,但自推出以來動靜相對較小。

谷歌與博德的合作伙伴關(guān)系產(chǎn)生的第一個成果就是將 GATK 帶到谷歌云平臺。

DNA 測序會產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù)(一個人未經(jīng)處理的基因組數(shù)據(jù)大于100G ),而博德研究所對超過 140 萬個生物樣本進行了基因組測序或分型。要分析所有這些數(shù)據(jù)需要龐大的資源,而這就是需要與谷歌進行合作的地方。除了提供計算平臺用于分析數(shù)據(jù),谷歌還表示 GATK——在兩家合作關(guān)系之外,這一軟件已被許多科學家所使用——會給予研究者信心,他們是“根據(jù)最佳實踐來處理他們的數(shù)據(jù),無需擔心IT 基礎(chǔ)設施的管理問題。”

“博德和谷歌都有著協(xié)作和數(shù)據(jù)開放的文化,”谷歌基因組負責人大衛(wèi)·格萊澤說道。“谷歌基因組幫助科學家讓基因組信息更容易獲取,實用性更大。我們希望通過在谷歌云平臺上提供博德的 GATK 服務加快這一偉大的科學進程。”

對于研究人員來說,能夠在云端使用這一工具包意味著他們無需擔心自己的IT 基礎(chǔ)設施的設置問題,而這個問題往往會在實際研究和分析之外耗費許多時間和人力。

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