企業業務流程重組作為一種管理思想，誕生于企業追求精益效益、追求加快市場響應速度的大環境背景下，是在成熟的企業管理基礎上對現有的管理模式的反思，是對企業管理模式進一步優化而進行的重組嘗試。但是理論與事實之間存在著巨大差距也迫使人們從狂熱中清醒過來，痛定思痛，對導致BPR項目失敗的原因進行認真分析總結。經過反思發現，BPR的失敗原因多種多樣。
1.忽略了人的因素
沒有認識到企業流程重組與優化需要員工的積極參與。流程重組提出的早期，沒有把人的因素考慮在內，導致企業在實施中忽視員工的反應，在很多企業引發了上中層管理人員，下到普通員工的強烈反感。即使是相對和風細雨的流程重組，員工的反抗、不解也是實施失敗的重要因素。
2.缺乏最高領導的直接推動，導致業務流程優化和重組缺乏足夠的推動力
不少企業最高領導沒有意識到流程變革是對企業的深刻變革，認為它僅僅是改變一些基本的“操作層面”的業務流程，不需要他們這些戰略的決策者投入多少精力和注意力，發個號召，講一次話，下一份文件，頂多組建一支專門的隊伍或者一個機構，由他們配合咨詢機構推行就可以了。他們沒有從整個企業資源上向業務流程優化和重組傾斜；沒有認識到業務流程重組與優化是為了提高企業的核心競爭力而對企業的資源、工作程序進行的改變；沒有認識到它改變了基本的業務流程，導致責、權、利的變化，是企業內一次新的利益再分配，其阻力大得超乎想象，絕非職能部門或實施機構所能推動。
3.流程變革的范圍和深度失當
沒有認識到流程優化的關鍵是要降流程變革與企業業務運營之間保持一定的融合性和適度的平衡。流程優化是企業管理進步的一種方法，既不是唯一的方法，也不是所有企業必須采用的方法。對這種“鳳凰涅槃”式的大變革，沒有首先全面衡量企業抗沖擊的能力和體系再造的條件是否成熟，輕率拍板，近于賭博。
4.期望過高
不了解業務流程重組與優化主要適用于解決操作層面的程序性問題，不切實際的期望它解決企業管理中廣泛的規劃層面與操作層面的問題、技能性問題與程序性問題、硬性與軟性的問題等。實際上，上述每一個目標的實現都不是單通過BPR一項改革就能奏效的。承認羅馬不是一天建成的，卻奢望流程變革在一夜之間實現，變革的效益立即實現。不愿意接受在長期效益到來之前可能發生的一些短期損失。沒有解決企業戰略性、技能型等方面的問題和實現員工觀念、企業文化等長期因素相應改變的情況下，要求業務流程的短期躍進。
5.管理模式的變革滯后，組織架構沒有相應調整
仍然停留在原有的職能管理模式、高度集權、部門分割。流程在各個職能部門的擠壓下更趨破碎，或者流程本身基本維持現狀，僅僅是把流程圖畫的更漂亮而已。或者低估轉向流程導向模式的變革難度，倉促設計，匆匆放權，組織架構調整過大過激，而相應的培訓、考核、監控和企業文化的轉型沒有跟上，造成混亂。
6.缺乏對信息技術與業務流程重組相互影響、相互制約的認識
合理利用信息技術是業務流程優化與重組的難點和要點所在。不少企業的領導者和管理層缺乏對信息技術與業務流程相互關系的正確認識與把握，有的完全聽信外部咨詢公司的安排，從信息技術而不是從業務出發，完全依據信息系統的需要重組業務流程，將業務流程等同于IT；有的將IT獨立于業務流程之外看待，造成信息系統與業務流程的脫離，削弱了IT系統在業務流程中的重要作用。不了解依托IT技術與脫離IT技術而進行的流程變革，其方法與效能均有很大差別。
7.忽略有效經營愿景與正確目標的制定
毫無疑問，制定企業目標與愿景是領導者責無旁貸的工作。它有利于企業明確方向，瞄準長遠利益，確定明確的評價標準，有效的分配資金，推動各項工作順利的向前發展。不少企業沒有或者不知如何正確確定或沒有清晰的表達有效的經營愿景，導致了流程項目的失敗。例如有的國內企業管理層已經確定公司由產品經營全面轉向資本經營，然而卻啟動了營銷流程而不是財務與投資流程的改進。
8.將業務流程優化與重組理解為壓縮組織規模、裁減員工
純粹的以資本替代勞力，以技術替代勞力，造成大量裁減員工，這和業務流程優化與重組的思想內涵相違背。一些企業領導人的出發點有偏差，僅僅把流程優化當成壓縮人員、壓縮成本的手段；為了達到目的，前期設計神秘化，后期實施突襲化，導致人人自危。
9.重設計，輕實施
由于BPR是對企業的業務流程進行根本性再思考和徹底性再設計，許多企業都投入了重金和最優秀的團隊進行方案設計，并且聘請了國內外優秀咨詢公司的專家參與方案設計。但是他們都忽視了最重要的一點，那就是優秀的改革方案必須依靠強力貫徹和嚴格實施才能真正落地開花結果，達到預期的設計效果；否則再漂亮的方案如果得不到正確的實施，也只是水中月、鏡中花。而其中變革管理是影響到企業上上下下思想轉變和行為修正的關鍵，常常需要拋開流程設計、深化“思想設計”來維持BPR的組織能力。
正因為BPR是在實踐中存在這些問題，全面的、根本性的流程重組方式逐漸被人們拋棄，取而代之的是部分的、持續的流程優化和流程管理方法，在企業中吃持續的對流程進行優化和管理。
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