大多數瘦客戶端不需要惡意軟件防護，但如今PC都被用作瘦客戶端了。
市場上有很多VDI瘦客戶端硬件，這些設備功能差異很大，但一般來講瘦客戶端不易受到惡意軟件影響。通常管理員不需要費盡心思給VDI瘦客戶端增加惡意軟件防護。
然而，某些企業將舊桌面PC改裝為瘦客戶端，這樣管理員就需要給這些瘦客戶端增加惡意軟件防護了。這些舊桌面PC往往運行一個安全性配置很好的桌面操作系統并直接連接虛擬桌面會話。這些設備不是在本地運行軟件，但從技術角度講，惡意軟件仍有可能入侵這些舊桌面PC。這類瘦客戶端設備上的惡意軟件也可能會攻擊硬件重定向或硬件驅動程序，例如可能會在設備上加入鍵盤記錄器。
當然，很多企業使用廠商提供的傳統瘦客戶端硬件比如Dell Wyse以及HP瘦客戶端，這類瘦客戶端僅僅提供了鍵盤、鼠標、顯示器、網絡以及電源接口的小塑料盒。這些設備的操作系統是專門設計的微型系統，通常不會輕易暴露或被惡意軟件利用。大多數企業幾乎不會專門保護傳統VDI瘦客戶端設備的操作系統。
如果的確需要而且設備容量充足，那么管理員可以獲得瘦客戶端操作系統的root訪問權限并安裝反惡意軟件。在大多數情況下，由舊桌面操作系統改裝成的瘦客戶端是唯一的一種管理員能夠在系統中安裝惡意軟件防護的瘦客戶端。
總的來說，瘦客戶端實際上不需要惡意軟件防護，因為惡意軟件能夠進入并感染瘦客戶端的概率是非常低的。
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