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DNA結合大數據:我們找到了癌癥的阿喀琉斯之踵

責任編輯:editor004

作者:機器之心 Synced

2016-01-11 10:31:54

摘自:百度百家

這些研究非常值得我們重視,因為甄別不同的突變形態決定了我們抗擊癌癥的手段,即找到癌癥的致命弱點。

今年一月份,醫藥公司羅氏(Roche) 以超過十億美元的價格收購了一家名為基礎醫藥(Foundation Medicine)的創業公司的一半股權。基礎醫藥公司并沒有研發任何新藥或是救生器材。大多數保險公司不會為他們的主要產品買單;而像許多生物技術公司一樣,基礎醫藥也處于虧損之中。

羅氏大手筆投入,看中的是基礎醫藥公司擁有的信息資源。羅氏、基礎醫藥公司和很多癌癥研究機構認為,把癌癥當作數據來研究是最有效的抗癌辦法。這次收購讓羅氏獲得了基礎醫藥公司數據庫的使用權,可以清楚了解到35,000名癌癥患者的腫瘤DNA序列,以及患者的藥物使用情況和使用效果。

傳統的腫瘤學信息匱乏。人們通常根據患者疼痛的部位對癌癥加以分類和治療,通過顯微鏡下細胞的形態和腫瘤擴散的方式診斷出類似「二期結腸癌」這樣的結果。這套類型學雖然日漸精細,但是仍然會將很多癌癥分類混淆在一起。好比給諾亞方舟上的動物種類做調查統計,得出這樣的結論:一部分動物擁有翅膀和羽毛,一個擁有翅膀和六只腿,還有一些擁有四只腿和毛皮。這種概括分類沒錯兒,但卻只能給我們一個模糊的概念。

同理,目前癌癥的分類也遠遠不夠。大部分抗癌藥物(尤其是對縮小腫瘤)每次只能可憐巴巴地發揮22%的功效,而且腫瘤學家們還要艱難地判定哪種藥物更適合哪一些病人。據一項估算顯示,每500億經費中就有390億浪費于藥物的預測試。用羅氏的前執行官Mara Aspinall的話來說,這些藥屬于「試錯藥(trial-and-error medicine)」。

DNA測序和其他的生物信息手段正在幫我們解決這個問題。腫瘤-基因測序研究告訴我們,原先的分類過于簡單,如「腎癌」、「肝癌」,實際包含了成千上萬的疾病類型,每一種類型有不同的變異或其他分子水平上的錯誤。每一個腫瘤就像一艘微型方舟,裝滿了變化各異的機能失調細胞和被損壞的DNA序列。最近一項關于腎癌的研究表明,任意兩個患者擁有的基因(突變)錯誤并不是完全一樣的;甚至,同一個患者體內的兩個腫瘤,它們的突變排列方式也不是完全相同的。進一步說,在去年一個乳腺癌高解析DNA測序研究中,同一個腫瘤內,沒有任何兩個細胞擁有相似的可甄別的基因屬性。

這些研究非常值得我們重視,因為甄別不同的突變形態決定了我們抗擊癌癥的手段,即找到癌癥的致命弱點。現在,藥物研發者研制出了許多針對性的處方藥,專門用于某一特定類型的、引發癌癥的突變細胞,可將其殺死或致殘。正因為這些藥物有很強的針對性,所以比以往的藥物更加有效,比如針對某些結腸癌的Erbitux, 還有針對部分乳腺癌的Herceptin。但是我們必須得先判斷癌癥的具體類型,才能使這些藥物物盡其用。

所以,一個乳腺癌患者一般會被要求做HER2突變細胞的檢測,或者晚期肺癌病人會被測試是否攜帶EGFR,這已成為檢測以上癌癥的標配手段。但是每一次測試只能檢測一種突變形態的可能——就如同在燈柱之下尋找鑰匙。我們需要更好的方式來全面檢測突變形態。

每一個送往基礎醫藥公司的患者細胞樣品都會經過掃描,確認是否存在300種引發癌癥的突變形態,不管這些組織細胞是來自胸部、骨骼還是肺部。人們希望找出每種癌癥的罪魁禍首,以便針對性的使用藥物。在最理想的情況下,人們終將通過基因圖譜測序(或其他強化的生物數據分析手段)找到每一種癌癥的弱點。今年一月份召開的世界個性化醫療大會(Personalized Medicine World Conference)上,基礎醫藥公司的主席Michael Pellini 表示「在這些新數據的幫助下,患者人群得到細分,我們不會用『第幾階段乳腺癌』來定義患者,而是用他們具體攜帶的突變基因來分類」。

如今,很多專業癌癥診斷中心能為患者,特別是晚期癌癥患者提供全面的基因分析。現在波士頓的丹娜法伯癌癥研究所(Dana-Farber Cancer Center) 為所有成年人提供此項幫助。這些信息已經改變了非小細胞肺泡癌(non-small-cell lung cancer)的分類方式:按照主要的突變形態來分類,而不是癌細胞宿主。就像奧巴馬總統在一月底演講中說的那樣,以這種眼光看待癌癥,才能促進精確醫療項目的發展。

利用數據分析對抗癌癥并不容易,這不是在亞馬遜上(利用數據分析)調整商品價格,也不是利用手機軟件Waze避免交通擁擠。生物體本身比人造系統更為復雜。2012年,研究者對100個乳腺癌進行采樣,發現了40種不同的突變基因,并且產生了73種不同的排列組合,有些患者甚至同時攜帶了6種不同的突變基因。腫瘤也在治療過程中發展演化,所以人們需要持續不斷的對腫瘤DNA進行測序,搶在癌癥(突變)之前找到解決方法;對于大部分突變來說,很可能沒有適合的藥物對它們加以克制。

可喜的是,已經有人從這種癌癥的大數據分析方式中獲益。在基礎醫藥公司35000個數據源中,有一個叫Corey Wood 的女士。她在大學畢業后一周后,就發現了自己得了第四階段非小細胞肺泡癌,而且已經轉移到她的骨骼和眼睛。通常這種疾病接受的藥物治療只能保證20%左右的有效率,但通過分析她的腫瘤細胞數據,基礎醫藥公司發現,她的突變基因是ROS-1, 這代表著可以通過Xalcori這種特定的藥物治療殺死畸變基因。在此之前僅有不到2%的肺癌是因為這種基因突變產生,這意味著如果沒有基因突變數據的幫助,也許她的主治醫師永遠都不可能這么快定位到Xalcoride治療方式

Corey Wood開始服用這種藥物,不到三個月她的癌細胞已經基本沒有了。今天二月她得到了癌癥已治愈的消息。在去年秋季的福布斯醫療高峰論壇上,她這樣告訴觀眾 「多虧基因圖譜定序和這些數據的幫助,我戰勝了體內的肺癌。」是的,羅氏、基礎醫藥公司和其他的癌癥研究者們正在進行一次巨大的嘗試和改變,而對于Corey Wood來說,她的人生已經被改變了。

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